教育目的
培養術德兼修、關懷生命、擁有慈濟大愛與利他之情懷，善於溝通、重視團隊合作，樂於承擔社會責任，並具備主動及終身學習的能力，以奠定醫學生成為良醫之基礎。
教育目標
期望本系學生畢業時應具備一般醫學教育之六大核心能力
1、優良的醫學專業知識與技能
2、良好的人際關係與溝通能力
3、主動及終身學習之習慣，並應用於臨床工作中的學習與改善
4、醫學人文與倫理之專業素養
5、醫療與健康照護體系中執業的能力
6、提供以病人為中心、基於實證的全人醫療
發展特色
慈濟醫學系為因應國際與國內醫學教育改革的潮流，醫學系的課程持續不斷的精進，醫學系在行政組織、課程和教學、師資和教師培育，以及學生事務等都有長足改善。
特色與卓越
一、無語良師──全球獨創的解剖人文教育
解剖學是習醫之路的成年禮。慈大醫學生在課程開始前親自拜訪大體老師的家屬，聆聽老師的生命故事；透過莊嚴的啟用、送靈與感恩追思典禮，學生學到的不只是人體構造，更是感恩心與對生命的尊重。無語良師「化無用為大用」，以身相許成就醫學教育，是對生命意義最深刻的詮釋。
在證嚴上人的感召下，已超過四萬人以上簽署大體捐贈志願書，簽署人數與捐贈風氣居世界之先。也因為捐贈來源充足，慈大得以讓每四至五位醫學生即分配一位大體老師，人人皆有充分的實作機會。
大體模擬手術教學──從基礎解剖到救人技能
本系自 2003 年起開設「大體模擬手術教學」課程，讓臨床實習醫學生在最接近真實病人的條件下，學習臨床手術技能，將無語良師的心願進一步轉化為救人濟世的能力。二十餘年來：
- 已有來自 57 個國家地區、42 所海外大學，超過 1,700 位醫學生前來學習
- 39 個醫學會、超過 12,000 人次的臨床醫師參與進階術式訓練
- 慈大模擬醫學中心是臺灣目前唯一無償對外開放課程的模擬醫學中心
- 《華爾街日報》專文報導，推崇為「世界最好的醫學科學與人文生命教育」
▸ 了解更多：大體模擬手術教學中心
二、精緻的臨床技能訓練──「良語良師」標準化病人
主要教學醫院花蓮慈濟醫學中心設有臨床技能訓練中心，導入先進臨床教學模型、模擬設備與多媒體互動系統，結合精心設計的教案，落實「以病人為中心」與「病人安全」的醫療照護訓練。
慈濟志工無私投入標準化病人（SP）訓練，發展出全臺標竿的 SP 課程。SP 不僅參與日常教學、即時回饋，協助學生精進問診、溝通與身體檢查能力，更在考選部、教育部、衛福部主辦的臨床技能測驗（OSCE）中扮演不可或缺的角色。因為他們以言語教導、以生命陪伴，慈濟尊稱 SP 為「良語良師」。
三、跨院區、跨區域的臨床學習網絡
慈濟醫療體系在臺灣北、中、南、東皆設有醫學中心與醫院，本系學生的臨床實習由花蓮、台北、台中、大林四家慈濟醫院共同承擔，讓學生接觸各區域不同的醫療型態與病人特色，養成面對多元臨床情境的能力。
身為東臺灣唯一的醫學系，本系同時與慈濟醫院玉里分院、關山分院合作，讓學生提早參與社區與偏鄉醫療服務，親身體認偏遠地區的醫療需求與醫師的社會責任。此一深耕在地的承諾，也反映在慈濟大學於 2025 年泰晤士高等教育世界大學影響力排名 SDG3「健康與福祉」領域榮獲全球第 64 名的肯定。
研究方面，由慈濟基金會、醫院與學校共同挹注資源，支持師生投入基礎與臨床研究。學生可透過「醫學生論文發表獎勵」及「MD-MS 學碩士一貫學程」，在學期間即累積研究能量，銜接未來的醫師科學家之路。
四、典範傳承的床邊教學
本系重視臨床教學，各教學醫院聘任教學型主治醫師，以小組床邊教學方式，帶領醫學生直接面對真實病人，在全人醫療與病人安全的前提下，從做中學，逐步建立醫病溝通、臨床技能、臨床判斷與邏輯思考能力。
臨床教師不僅傳授知識與技術，更以身教示範醫者的態度與價值。學生在師徒式的陪伴中，觀察典範醫師如何面對病人、家屬與醫療團隊，潛移默化地形塑良醫的專業素養，這正是慈濟醫學教育「以人為本」精神在臨床現場的具體實踐。
重視課程改革
- 成果導向教育（OBE）：以培育具慈濟人文、利他大愛精神、術德兼修的良醫為終極目標，課程設計對準畢業時應具備的六大核心能力。
- 以學生為中心：依據學習背景與需求設計課程，鼓勵參與，養成自主學習與終身學習能力。
- 系統性課程整合：
- 醫學人文課程──跨系、跨院、跨校師資合作，重視反思學習（reflective practice），深化人文涵養與社會行為科學認知。
- 基礎與臨床整合──器官系統導向模組，基礎醫學搭配臨床情境，提早銜接臨床經驗，強化病理生理學思路訓練。
- 臨床實習課程──強調病人安全、全人醫療、實證醫學（EBM）與跨領域團隊合作（IPE）。
- 多元教學策略：精進 PBL 小組教學、發展 TBL（team-based learning），提升課堂互動與學習成效。
- 多元評量：兼顧形成性與總結性評量，涵蓋知識、技術、態度與行為──以 MCQ、Essay、口試評量知識，以 mini-CEX、OSCE、DOPS、CbD、Portfolio、360 度評量等評估臨床能力與專業態度。
