教育目的
培養術德兼修、關懷生命、擁有慈濟大愛與利他之情懷，善於溝通、重視團隊合作，樂於承擔社會責任，並具備主動及終身學習的能力，以奠定醫學生成為良醫之基礎。
醫學生核心能力
1、優良的醫學專業知識與技能
2、良好的人際關係與溝通能力
3、主動及終身學習之習慣，並應用於臨床工作中的學習與改善
4、醫學人文與倫理之專業素養
5、醫療與健康照護體系中執業的能力
6、提供以病人為中心、基於實證的全人醫療
發展特色
慈濟醫學系為因應國際與國內醫學教育改革的潮流，醫學系的課程持續不斷的精進，醫學系在行政組織、課程和教學、師資和教師培育，以及學生事務等都有長足改善。
特色與卓越
1、「無語良師」課程：
解剖學如學醫之路的成年禮，醫學生透過家訪與家屬互動，第一次拜訪不認識的人，第一次下刀…，並透過「解剖人文」莊嚴的宗教儀式，除提高教學品質外，更建立起學生的感恩心，以及對人性的關懷與尊重，無語良師化無用為大用，無私奉獻更是對生命意義的最佳闡釋。本系自92學年度起，於臨床學習開設「大體模擬手術教學」課程，在精心教案設計下，學生學習特定的臨床手術技能，將無語良師的偉大心願，進一步轉化為救世濟人之技能。另受到證嚴上人的感召，已超過三萬八千人簽署捐贈志願書。
2、精緻的臨床技能中心：
醫學系的主要教學醫院-花蓮慈濟醫學中心於95年7月成立臨床技能訓練中心，其導入先進的臨床教學模型，並藉由教案、標準化病人、模擬設備和多媒體互動系統輔助教學，使醫學生透過專業訓練課程，提升臨床技術能力，並推展以「病人為中心」與「病患安全」的醫療照顧。此外，由於慈濟志工的無私奉獻，我們發展優質的標準化病人(SP)訓練課程，也成為台灣標準化病人訓練的標竿，SP除了參與教學，並即時回饋讓學生瞭解自我的優缺點，進而提升醫學生問診、溝通與身體檢查的能力；SP也在考選部、教育部、衛福部主辦的臨床技能測驗(OSCE)扮演重要不可或缺的重要腳色，也依此，慈濟稱呼SP為「良語良師」。
3、跨院區整合之教學、研究：
教學-醫學系的主要實習教學醫院除了花蓮慈濟醫院之外，尚有台北新店、台中與嘉義大林慈濟醫院，共同承擔醫學生的臨床實習教學，讓學生可以有機會接觸台灣北、中、南、東各地區不同的醫療型態與病人特色，同時與慈濟醫院玉里分院、關山分院合作，使學生能早期參與社區醫療服務，體認偏遠地區醫療需求及醫師之社會責任。
研究-由慈濟基金會、醫院、學校資源支持師生投入基礎、臨床研究以培養及提升學術研究風氣。
4、典範的床邊教學：
本系重視臨床教學，並獲得董事會與花蓮慈濟醫院的全力支持，聘請旅美資深教授為客座教授指導醫學生與年輕醫師，使醫學生接受到相當良好的床邊教學、病態生理學與一般醫學訓練，另志業體醫院聘任教學型主治醫師，在重視全人醫療與病人安全的前提下，讓學生學習建立良好的醫病關係，逐步從做中學，以學習醫病溝通、臨床技能、臨床判斷能力及邏輯思考等臨床實作經驗(hands-on experiences)。
重視課程改革
1、成果導向教育(outcome-based education)：培育具慈濟人文利他與大愛精神、術德兼修的良醫。
2、以學生為中心的課程設計，重視成人學習理論，依據學生的學習背景及需求、鼓勵醫學生的參與，養成學生自主、主動學習及終身學習的能力。
3、重視系統性課程規劃、兼顧橫向與縱向的課程整合，整合不同領域間教師間的合作；但也強調師徒傳授、典範學習及校園與醫院文化的無形影響(hidden curriculum)：
◎醫學人文課程整合: 跨領域教師合作，跨系、跨院甚至跨校之師資主課或協助授課，提供多樣化之必修及選修課程，並重視反思學習(reflective practice)，以促進學生之人文涵養及社會行為科學的認知。
◎基礎與臨床課程整合: 以器官系統導向之模組，基礎醫學搭配臨床情境之介紹，並提早與臨床銜接之經驗學習，以促進學生對於基礎醫學的認知深度，並重視病理生理學的思路訓練。
◎臨床實習課程: 強調病人安全與全人醫療，注重一般醫學照護的能力、重視臨床思維與實證醫學(EBM)、強調觀察、發掘問題及解決問題的能力、及重視跨領域團隊的合作與學習。
4、多元教學策略：目的在提升學生學習成效，加強課堂師生互動，精進PBL與其他小組教學方法，並導入發展TBL(team-based learning)的授課方式。
5、多元評量：以適當的評量方式，適時的 formative 與 summative評量，以評估學生的學習成效。評量範疇包括知識、技術、態度與行為，例如: 以MCQ, Essay, 問答、口試來評量知識，發展mini-CEX, P-MEX, OSCE, DOPS, CbD, Portfolio, 360度、口試等方式來評量學生的技術、態度(行為)。